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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物学体mRNA中最猛要的转录后装饰,在真核生物学体的方面的问题和生理上的过程中起着至关很重要的做用。血糖高自我意识困难也是种不可逆性的周围神经中枢周围神经设计退行性急病,当今快速发展其实切规则还未非常阐述,以及缺失更有效的改善和缓解策略。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生物体为其提供m6A甲基化了解技術保障,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

散文名稱:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

客服部门:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

科学研究建材:小鼠脑组织

拜谱供给系统:m6A甲基化(MeRIP-seq)

提要图:

图1| 文献综述图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

研究方案报告

1.DCI小鼠海马中m6Adna突显的变换

探讨师首选打造了高脂饮食搭配和自我意识问题(DCI)的小鼠模特。为相对比组(n = 3)和DCI组(n = 3)比率内的m6A表观遗传绘制,探讨师采用MeRIP-seq展开了转录组比率内的m6A-seq概述。在DCI组的10664个编写代码表观遗传转录物(mRNAs)一共挖掘比组的23714个不叠加的m6A峰。差距之余,DCI组表面出23,754个非叠加m6A峰。里面,9347个甲基化表观遗传在比组和DCI组比率内叠加(图2)。

图2| 参考组和DCl组m6a修饰语基因组的维恩图

共签定出1275个的不同于之处甲基化的m6A位点(DMMSs),进来60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化原因区分同质性不低于對照组。了解其地方环境原因遇到m6A峰地方环境在整个的RNA中(图3A),并依据其地方环境的转录地方环境可以分为下述五组:5'UTR、3'UTR、转录始点位点地方环境场面、解除帐号账户用户名和密码子场面、始点帐号账户用户名和密码子场面和编号编码序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和解除帐号账户用户名和密码子附近小区同质性丰度(图3B)。从而监测这一些复染的体上m6A体现语的地方环境,学习员工筛分了有峰注音的地方环境,并校正了这一些复染的体上reads的盖住率。在DCI组中,m6A体现语区偏往于3'UTR区(图3C)。其它mRNA内的DMMS都被市场定位到复染的体提升监测其地方环境简况。的不同于小鼠复染的体的m6A体现语谱的不同于。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的增加

考虑到考验m6A掩盖在DCI小鼠中的生物工程体学功用,调查师从两队填入择所含DMMS的球氨基酸打码DNA遗传使用GO和KEGG分享(图4A)。在GO分享中,高甲基化DNA遗传在人体細胞的时候、生物工程体的时候调节作用、催化氧化剂的作用化学活化和杂环氧化物组合中偏态聚集。KEGG无线网络手机信号网络手机信号手机信号环路分享彰显,高甲基化DNA遗传与T人体細胞肾上腺素肾上腺素受体无线网络手机信号无线网络手机信号网络手机信号手机信号环路、小人体細胞肺癌患者和RIG-I样肾上腺素肾上腺素受体无线网络手机信号无线网络手机信号网络手机信号手机信号环路涉及到(图4B)。就低甲基化DNA遗传,GO分享彰显在人体細胞的时候、基础代谢的时候和组合的时候中偏态聚集有机化学环氧化物、组合杂环氧化物和催化氧化剂的作用化学活化(图4C)。KEGG无线网络手机信号网络手机信号手机信号环路分享反映了低甲基化DNA遗传与肥厚性心肌病和Hippo无线网络手机信号无线网络手机信号网络手机信号手机信号环路的相关(图4D)。

图4| 之间的关系甲基化m6A位点的环路丰度

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq动态数据的合力阐述

己经调查人士将m6A MeRIP-Seq的资料和原先RNA-Seq的资料对其进行综合数据分析,察觉163个mRNA,m6A峰和mRNA关卡可观变更。41种mRNA的m6A和mRNA关卡上浮,14种mRNA关卡下跌。显然,30个遗传基因组组mRNA展示上浮,m6A关卡下跌,7七个遗传基因组组mRNA展示下跌,m6A关卡上浮(图5A)。接下来,打造半个个PPI网来凸显163个遗传基因组组编号规则的核蛋白两者之间的连入(图5B)。

如图是6如下,GO和KEGG具体了解包含四组:(1) m6A调涨,mRNA降低;(2) m6A调涨,mRNA调涨;(3) m6A降低,mRNA降低;(4) dnam6A降低和mRNA调涨。在GO具体了解中,m6A调涨和mRNA降低的dna在神经系统组织神经系统癌细胞分泌时、馨香族有机化合物微生物炼制时和RNA分泌时的国家宏观国家宏观调控中不错生物含有。KEGG具体了解提示 ,这个dna在皮脂酸分泌、小神经系统组织神经系统癌细胞肺肿瘤、丙酸分泌和二甲苯酸分泌中生物含有。谈谈m6A调涨和mRNA调涨的dna,GO具体了解提示 在亚铁紧密切合、亚胺丙氨酸脱羧酶生物、天冬氨酸1-脱羧酶生物和神经系统组织神经系统癌细胞相连接按装负国家宏观国家宏观调控中生物含有;KEGG具体了解提示 在2型痛风、皮脂神经系统组织神经系统癌细胞指数公式讯号径路和胰岛素讯号径路中生物含有。在GO具体了解中,m6A降低和mRNA降低的dna在寡肽紧密切合、谷胱甘肽紧密切合和二硫氧化反应反应物氧化反应反应替换酶生物中生物含有,而在KEGG具体了解中,因此在柠檬百香果酸不断巡环(TCA不断巡环)、丙酸分泌和多种群凋亡中生物含有。在GO具体了解中,m6A降低和mRNA调涨的dna在胚胎骨关节软骨要素发生了、血清激酶生物修改密码和NADP分泌时中生物含有,在KEGG具体了解中,m6A降低和mRNA调涨dna在新霉素、卡那霉素和神经系统营养健康指数公式讯号径路中生物含有。

图5| m6A甲基化与mRNA表达爱的联席数据分析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG探讨

拜谱生态学个人心得体会

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱生物工程提供了m6A甲基化枝术的服务,拜谱生物体可提供完善成熟的蛋白质组学、分解组学、转录组学及其两组学共同售后服务高技术售后服务,欢迎致电咨询!

参考使用论文文献综述:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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